Existen diferentes marcas de software de amplio uso en las aplicaciones prácticas de esta técnica. Se puede obtener de todas ellas una versión gratuita.
Vensim
Vensim es el software más completo y versátil que existe en la creación de modelos de Dinámica de Sistemas. Es el único que permite dibujar diagramas causales y se puese usar para hacer modelos en todos los ámbitos: economía, empresas, medio ambiente, social, sanidad, seguridad, etc. Tiene una interface gráfica muy clara y visual lo que facilita construir tanto modelos sencillos como aquellos otros de gran complejidad. La versión gratuita ( Vensim PLE ) es muy potente ya que incluye la mayoría de funciones del software, como son las de creación de tablas y gestión de retrasos temporales. En las versiones de pago hay importantes descuentos para uso educativo y personal.
ithink
Ithink tiene funcionalidades específicas para aplicaciones en economía y gestión de empresas. Sus prestaciones gráficas le hacen amigable para el usuario poco experto. Por contra no permite dibujar diagramas causales, que son la base de la metodología, y con la versión gratuita no es posible guardar los modelos de simulación, lo que obliga a comprar el software incluso para uso académico.
Stella
Stella apareció en 1985 para equipos Mac y constituyó entonces una verdadera revolución ya que ofrecía una visualización gráfica de las relaciones entre elementos. Igual que ithink no permite dibujar diagramas causales y no tiene una versión para estudiantes que permita guardar los modelos creados.
Powersim
El ámbito de aplicación de este software noruego se halla en las grandes empresas porque integra los modelos con las bases de datos centrales. Se usa principalmente modelos de gestión de la producción.